Depuis le printemps 2025, un agent public placé en arrêt maladie ne touche plus la même somme qu’auparavant pendant les premiers mois. La réforme a fait beaucoup de bruit, souvent avec des raccourcis, et on la confond parfois avec des mesures finalement abandonnées. Voici ce qui s’applique réellement, pour quels congés et avec quelles démarches.
Ce qui change en 2025 pour les fonctionnaires en arrêt maladie
La loi de finances pour 2025 a réduit l’indemnisation du congé maladie ordinaire dans la fonction publique. Le décret n° 2025-197 du 27 février 2025 en a fixé les modalités, avec une application à compter du 1er mars 2025. Concrètement, pendant les trois premiers mois d’un congé maladie ordinaire, le fonctionnaire perçoit 90 % de son traitement au lieu de 100 %. Les neuf mois suivants restent rémunérés à demi-traitement, soit 50 %.
La baisse ne touche donc qu’un seul type de congé. Le congé longue maladie, le congé longue durée et les congés liés à un accident de service ou à une maladie professionnelle ne bougent pas. Le tableau ci-dessous résume la situation avant et après la réforme.
| Type de congé | Avant le 1er mars 2025 | Depuis le 1er mars 2025 |
|---|---|---|
| Congé maladie ordinaire (jusqu’à 12 mois) | 3 mois à 100 %, puis 9 mois à 50 % | 3 mois à 90 %, puis 9 mois à 50 % |
| Congé longue maladie (jusqu’à 3 ans) | 1 an à 100 %, puis 2 ans à 50 % | Inchangé |
| Congé longue durée (jusqu’à 5 ans) | 3 ans à 100 %, puis 2 ans à 50 % | Inchangé |
| Accident de service, maladie professionnelle | Maintien intégral du traitement | Inchangé |
Jours de carence : ce qui n’a finalement pas été voté
Le projet de budget prévoyait de passer de un à trois jours de carence pour les agents publics. Cette mesure n’a pas été retenue dans le texte définitif : le délai de carence reste fixé à un seul jour non rémunéré au début de chaque congé maladie ordinaire.
Combien est payé un fonctionnaire pendant son arrêt maladie
La base de calcul est le traitement indiciaire, c’est-à-dire le salaire hors primes. Avec la réforme, un agent qui perçoit 2 000 euros de traitement touche 1 800 euros pendant les trois premiers mois de son arrêt. À partir du quatrième mois, ce montant tombe à 1 000 euros, sauf si le congé est requalifié en longue maladie ou en longue durée.
Les primes et indemnités suivent des règles propres à chaque employeur. Dans la fonction publique territoriale, c’est souvent la délibération de la collectivité qui fixe leur maintien, ce qui explique des écarts d’une commune à l’autre. Dans la fonction publique d’État et la fonction publique hospitalière, les textes prévoient en général qu’elles suivent le sort du traitement. Le mieux reste de demander la règle appliquée à votre service des ressources humaines.
Beaucoup d’agents ont une mutuelle ou un contrat de prévoyance. Selon les garanties, ce contrat peut compenser tout ou partie des 10 % perdus et du demi-traitement. Relisez vos conditions, car certains contrats sont calés sur l’ancien niveau de maintien de salaire.
Durée maximale d’un arrêt : CMO, CLM et CLD
Le congé maladie ordinaire s’adresse aux arrêts pour une pathologie courante. Il peut durer jusqu’à douze mois consécutifs, et c’est lui seul qui est concerné par la baisse à 90 %.
Le congé longue maladie vise des affections graves qui rendent le travail impossible, sur avis du conseil médical. Il peut atteindre trois ans, avec un an de traitement complet puis deux ans de demi-traitement. Le congé longue durée est réservé à cinq familles de maladies (cancer, tuberculose, maladie mentale, poliomyélite et déficit immunitaire grave). Il peut courir jusqu’à cinq ans, dont trois à plein traitement.
Passer d’un congé ordinaire à un congé longue maladie reste donc une démarche à connaître, car elle change le niveau d’indemnisation. Elle se fait à la demande de l’agent, avec un dossier médical transmis à l’employeur.
Démarches à effectuer et contrôles médicaux
Dès la prescription de l’arrêt, le fonctionnaire doit transmettre l’avis d’arrêt de travail à son administration sous 48 heures. Si l’envoi est tardif, l’employeur peut adresser une mise en demeure. En cas de récidive dans les douze mois, la rémunération peut être réduite de moitié pour la période comprise entre la date de prescription et celle de l’envoi.
L’administration peut aussi faire procéder à une contre-visite par un médecin agréé. Un agent absent de son domicile lors du contrôle, sans motif valable, s’expose à une suspension de sa rémunération. Pensez à bien indiquer vos horaires de présence et votre adresse de repos.
Les règles de fond sont les mêmes dans les trois versants. Les différences viennent surtout des primes, des circuits internes et des organismes (comités, centres de gestion pour les petites collectivités) qui instruisent les dossiers.
Secteur privé, contractuels et points encore en suspens
Les salariés du secteur privé relèvent d’un autre mécanisme. Ils perçoivent des indemnités journalières de l’Assurance maladie après trois jours de carence, éventuellement complétées par l’employeur selon l’ancienneté et la convention collective. Les deux systèmes ne se superposent pas, d’où la difficulté de comparer le niveau de protection de chacun.
Les contractuels de droit public dépendent du régime général pour leurs indemnités journalières, avec un complément de l’employeur. Le décret de février 2025 vise d’abord les fonctionnaires, et la transposition aux contractuels restait en attente au moment de la rédaction. Vérifiez auprès de votre employeur si une règle spécifique s’applique à votre contrat.
Enfin, le débat sur les jours de carence et sur le contrôle des arrêts n’est pas clos, et de nouvelles mesures peuvent apparaître dans les prochaines lois de finances (à suivre dans les votes de l’Assemblée sur l’arrêt maladie). Consultez les textes en vigueur avant toute décision importante, notamment si un arrêt long, un temps partiel thérapeutique ou un départ à la retraite sont envisagés.
